Можно ли укладывать плёнку-пароизоляцию и дышащую подкровельную мембрану вдоль стропил, а не поперёк?

Да, можно. Единственное, обратите внимание на швы гидроизоляции. Они должны быть выполнены вдоль и зажиматься контррейкой.